Kod pacijenata koji imaju hroničnu anovulaciju ili pacijenata sa idiopatskim sterilitetom, kao i kod pacijenata sa smanjenom fertilnošću preporučuje se stimulacija ovulacije.

Suština je da se izazove ovulacija, sa dva ili tri folikula što povećava šansu za trudnoću kod pacijentkinja sa prohodnim jajovodima i urednim nalazom spermiograma. Najjednostavniji oblik stimulacije je pomoću Clomiphen citrata koji se koristi uglavnom od drugog dana krvarenja pet dana, a doze zavise od hormonskog statusa i prethodnih stimulacija. Nedostatak ove stimulacije je slabiji raceptivitet endometrijuma, kao i smanjen rast endometrijuma što uzrokuje i do 25% spontanih pobačaja u trudnoćama nastalim nakon ove stimulacije.

Kod pacijentkinja koje ne reaguju adekvatno na Clomiphen, kao i kod PCOS, ili kod hipotrofnog hipogonadizma preporučuje se stimulacija kombinacije Clomiphena sa gonadotropinima ili samo sa gonadotropinima. Postoje različite šeme davanja ovih lijekova koje se određuju individualno.

Protokoli sa agonistima ili antagonistima u kombinaciji sa gonadotropinima daju se u iznimnim slučajevima u postupku ovulacije jer su to protokoli koji se koriste u postupcima vantjelesne oplodnje.

Za sve ove protokole je zajedničko da se pacijenti moraju pratiti ultrazvučno tokom stimulacije zbog određivanja uspješnosti i ostvarenja ovulacije, kao i u cilju dijagnostikovanja hiperstimulacije.

U vrijeme kada folikuli dostignu razvoj od 18-22 mm ultrazvučno, a ponekad i uz određivanje estradiola i nivoa LH ordinira se tzv. "stop injekcija" koja pomaže u potpunom sazrijevanju folikula i njegovom prskanju, nakon čega se oslobađa zrela jajna ćelija. U tom periodu se preporučuju redovni spolni odnosi.